본 연구는 대리인 이론에 기초하여 정부의 연구개발 지원이 개별 기업의 자체 연구개발 투자 및 혁신 성과에 미치는 영향에 대해 분석하였다. 그리고 이러한 관계에 있어 재무적 여력이 미치는 조절효과에 대해서도 살펴보았다. 이를 위해 2010년부터 2012년까지 정부 연구개발 지원을 1회 이상 받은 약 5,800개의 상장 및 비상장 기업을 대상으로 분석을 시행하였다. 본 연구의 실증분석 결과, 정부의 연구개발 지원과 개별 기업의 자체 연구개발 투자 사이에 역 U자의 관계가 발견되었다. 또한 개별 기업의 총 연구개발 투자 내 정부 지원금 비중 역시 기업의 연구개발 성과와 역 U자형 관계를 가지는 것으로 나타났다. 이러한 결과들은 정부의 지원이 어느 수준까지는 기업의 연구개발을 촉진시키는 마중물의 역할을 하지만, 지나치게 많은 보조금은 오히려 도덕적 해이를 야기하여 기업의 혁신을 저해할 수 있다는 것을 의미한다. 마지막으로 개별 기업이 자체적으로 보유한 재무적 여력은 정부 지원금 비중과 특허, 논문 실적 등의 1차적 연구개발 성과 간에는 유의미한 영향을 미치지 않았지만, 사업화 실적으로 측정한 2차적 연구개발 성과 간에 대해서는 유의미한 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 본 연구는 이러한 결과를 바탕으로 시사점과 그 한계점에 대하여 논의하였다.